天然玛瑙区别于假玛瑙的最显著的标志，是其横断面有同心层纹结构，利用这个标志，整块玛瑙较为容易识别，而经切割后的制成品，由于没有整齐明显的图案，则容易认错。但一般来说，天然玛瑙手感凉，表面像涂了一层蜡，并有蜡的光泽，半透明，硬度在摩氏7级，用小刀刻不动，由于它是在熔融状态下形成的结晶体，多为球状，所以特别致密；表面研磨后更为细腻，在硬杂木板上急骤磨擦十几下，玛瑙不热，木板却发烫；颜色常是几种混杂于一块之中，形成美丽的花纹、层纹、锦花等绚丽多彩的图案。
　　假玛瑙除人工合成外，一部分是用优质的石材来充当的。其基本特征是：手感固然凉，却没有蜡状感觉和光泽，有些硬度低，用小刀能刻出痕迹来；砸碎观察断面，除没有玛瑙所具有的层纹外，颗粒较粗，甚至有裂隙；不透明，颜色之间界线分明。有些不法商贩在假冒玛瑙的表面粘上一层薄薄的有机物，给人有蜡状光泽和手感的错觉，鉴别时要特别注意。
1、 花纹和颜色：真玛瑙色泽鲜明光亮，假玛瑙的色和光均差一些，二者对比较为明显。天然玛瑙颜色分明，条带花纹十分明显，而仿制的假玛瑙多数颜色艳丽、均一，给人一种假的感觉。
2、质地：假玛瑙多为石料仿制，较真玛瑙质地软，用玉在假玛瑙上可划出痕迹，而真品则划不出。从表面上看，真玛瑙少有瑕疵，劣质则较多。
3、透明度：真玛瑙透明度不如人工合成的好，稍有混沌，有的可看见自然水线或“云彩”，而人工合成的玛瑙透明度好，象玻璃球一样透明。
4、 重量：真玛瑙饰品比人工合成的玛瑙首饰重一些。
5 、温度：真玛瑙冬暖夏凉，而人工合成玛瑙随外界温度而变化，天热它也变热，天凉它也变凉。